破坏性最大的咖啡树疾病，为咖啡驼孢锈菌(Hemileia vastatrix)所致。此病在非洲、近东及印度、亚洲、澳大拉西亚(Australasia)等生产咖啡的地区发生已久，1970年首次出现於西半球，发现於巴西。斯里兰卡及爪哇一度兴旺的咖啡种植园即毁于该病。症状为叶表面出现黄色小油斑，後扩大成鲜橙色至红色圆斑，最後转褐色，具黄色边缘。锈菌孢子堆位於叶下表面，橙黄色，後转黑色。病叶下垂，逐渐脱落，数年内植株即死亡。控制方法为於潮湿季节及时喷杀真菌剂;某些地区的种植园已迁移至海拔1,800?2,100公尺(6,000?7,000呎)较凉爽的地方，在该处锈菌不易繁殖。施行检疫亦减少远距离播散的机会。